Учредителями и акционерами Центрального депозитария могут быть только Национальный Банк Республики Казахстан, профессиональные участники рынка ценных бумаг и международные финансовые организации, перечень которых определяется нормативным правовым актом уполномоченного органа.
В состав акционеров на 01 января 2024 года входят Национальный Банк Республики Казахстан, АО "Казахстанская фондовая биржа", семь банков второго уровня и четыре брокерские организации.